وبعد ظهور وباء الطاعون (الموت الأسود) سنة 1347م. تأخر التقدم العلمي في أوروبا زهاء قرنين حتي سنة 1543م. عندما نشر كتاب العالم البلجيكي أندرياس فازليس بعنوان (في تركيب الجسم البشري)(De Corporis Humani Fabrica). حيث صحح فيه أفكار جالينوس منذ 1300 سنة عن تشريح جسم.والكتاب الثاني في هذه السنة عام 1543 وكان له دلالة كبري كان بعنوان (في ثورات الكرات السماوية)(De Revolutionibus Orbium Coelestium) للفلكي البولندي نيكولاس كوبرنيكس حيث رفض فيه فكرة الأرض مركز الكون كما وضعها بطليموس في القرن الأول ق.م. في كتابه(المجسطي) والذي ترجمه المسلمون. كما بين كوبرنيكس – أيضا- أن الأرض والكواكب الأخرى تدور حول الشمس. ومنعت الكنيسة الكاثوليكية كتابه من التداول لمدة قرنين بل كفرته رغم صحة ماقاله. لكن في العقد الأول من القرن 17 ثبت صحة كوبرنيكس ولاسيما بعد اختراع التلسكوب حيث إستخدمه جاليليو ليكون أول شخص يري أقمارا تدور حول كوكب المشتري ورأي وجه القمر ورسمه بالتفصيل. كما رأي كوكب الزهرة يتضاءل وهو يدور حول الشمس. واتهم جاليليو وكوبرنيكس اللذان صححا كثيرا من المفاهيم الفلكية بالهرطقة. وهذا ماجعل جاليليو يتراجع عن أفكاره. لكنه بحث القوانين التي تتحكم في سقوط الأشياء واكتشف أن تأرجح البندول ثابت في أي الإتجاهين. وهذه الحركة البندولية إكتشفت إمكانية استخدامها في ضبط الساعات. وقد طبقها إبنه عام 1641م. وبعد عامين إكتشف تورشيللي البارومتر لقياس الضغط الجوي. وفي سنة 1650 إكتشف الفيزيائي الألماني جويرك المضخة الهوائية. فأحضر نصفي كرة برونزية.وفرغهما من الهواء للدلالة علي قوة الضغط الجوي. ثم أحضر مجموعتين من الأحصنة وكل مجموعة من ثمانية وحاولوا شد نصفي الكرة المفرغة من الجانبين المتقابلين. فظلت الكرة ملتصقة تماما.لأن الكرة مفرغة ولايوجد بها ضغط هوائي والضغط الجوي الخارجي الواقع عليها أعلي. ولما ضخ الهواء بها إنفصلا عن بعضهما..لأن الضغط الجوي بداخلها وبالخارج متعادل. وخلال القرن 17 حدث تقدم كبير في علوم الحياة حيث إكتشف الإنجليزي وليام هارفي الدورة الدموية واكتشف العالم الهولندي أنطوني فان ليوفينهوك الكائنات الدقيقة من خلال ميكرو سكوبه الذي إخترعه. وفي إنجلتلرا وضع روبرت بويل ألكيمياء الحديثة. وفي فرنسا إكتشف رينيه ديكارت عدة رياضيات ووضع المذهب العقلي في العلم.
لكن كان أعظم إنجازات العلم في القرن 17. عندما استطاع الفيزيائي والرياضي الإنجليزي إسحق نيوتن عام 1665م، وضع نظريات عن طبيعة الضوء والجاذبية الكونية التي إعتبرها تمتد في كل الكون. وكل الأشياء تجتذب لبعضها بقوة معروفة. والقمر مشدود في مداره بسبب الجاذبية التي تؤثر علي حركة المد والجزر بالمحيطات فوق الأرض.وفي عصر التنوير The Age of Enlightenment. كان نيوتن قد بين بالقرن 18 ان الطبيعة(الوجود) محكومة بقوانبن أساسية تجعلنا ننهج المنهج العلمي. وهذا ماحرر علماء هذا القرن وجعلهم يقتربون من الطبيعة لأن الاكتشافات حررتهم من أسار السلطة الدينية وأفكار وحكمة الكتابات القديمة والتي لم تخضع للتجارب. وهذا التوجه العقلاني والعلمي أدخل العلم في عصر السببية (الأسباب) Age of Reason أو مايقال بعصر التنوير Age of Enlightenment حيث طبق علماء القرن 18بشدة الفكر العقلي والملاحظة الواعية والتجارب لحل المسائل المختلفة. فظهر تصنيف وتقسيم الأحياء حيث صنف العالم الطبيعي السويدي كارلوس لينويز 12 ألف نبات وحيوان حسب الترتيب للصفات. وفي سنة 1700 م. صنعت أول آلة بالبخار وتطور التلسكوب ليكتشف به الفلكي الإنجليزي وليام هيرسكل الكوكب أورانوس عام 1781 م. وخلال القرن 18 لعب العلم دورا بارزا في الحياة اليومية. فلقد ظهرت ثورة الآلة في مضاعفة الإنتاج الصناعي ومنذ القرن 19 إنتهج العلم طريق المعرفة في شتي فروعه. ففي الكيمياء إعتبرت المادة مكونة من الذرات. ووضع الإنجليزي جون دالتون النظرية الذرية Atomic theoryعام 1803 حيث إكتشف أن كل ذرة لها كتلة. وهذه الذرات تظل بلا تغيير حتي لو إتحدت مع ذرات أخرى لتكوين المركبات. كما بين أن المواد دائما تتحد معا بنسب ثابتة.واستطاع ديمتري ماندليف Dmitry Mendeleyev استخدام اكتشافات دالتون للذرات وسلوكها في رسم جدوله الدوري الشهير الذي رتب فيه العناصرعام 1869. كما شهد القرن 19 في الكيمياء تخليق الأسمدة الصناعية(المخلقة) synthetic fertilizer عام 1842بإنجلترا. وفي عام 1846الكيميائي الألماني كريستيان شونباين Christian Schoenbein المادة المتفجرة نيترو سيلليلوز من خليط حامضي الكبرتيك والنيتريك وغمسه بقطع من القطن وقام بتجفيفها. وتوصل إلي أن السيلليلوزبالقطن يتحول لمادة سريعة الاشتعال وشديدة الانفجار. وبنهاية القرن 19أمكن تصنيع مئات المركبات العضوية بتخليقها من مواد غير عضوية. فصنعت الأصباغ والأسبرين.
